Bhè, per fare le cose semplici mi appoggerei ad un database con i percorsi dei file e loro descrizione. Se il servizio hosting ti lascia interrogare il database anche da connessioni non provenienti dal sito stesso, allora puoi fare tutto in java tranquillamente, altrimenti potresti sviluppare un piccolo pannello grafico nella tua applicazione in cui mostrare l'output di una eventuale pagina PHP sul sito che o interroghi il database (se presente) oppure la cartella dove vengono salvati i documenti da scaricare.