Innanzitutto diciamo che un id può ricorrere una sola volta all'interno di una struttura (X)HTML, essendo appunto un identificatore univoco.

Dovresti avere, quindi:

codice:
<input id="modo_pagamento_bonifico" 
   name="modo_pagamento" 
   type="radio" 
   class="input_pulsante" 
   value="bonifico" /> 
<label for="modo_pagamento_bonifico">Bonifico bancario</label>

<input id="modo_pagamento_contrassegno" 
   name="modo_pagamento" 
   type="radio" 
   class="input_pulsante" 
   value="contrassegno" /> 
<label for="modo_pagamento_bonifico">Contrassegno</label>

<input id="modo_pagamento_carta" 
   name="modo_pagamento" 
   type="radio" 
   class="input_pulsante" 
   value="carta_credito" /> 
<label for="modo_pagamento_carta">Carta di credito</label>
Nel javascript, poi:

codice:
alert( document.getElementById('modo_pagamento_bonifico').value );
alert( document.getElementById('modo_pagamento_contrassegno').value );
alert( document.getElementById('modo_pagamento_carta').value );