FireFox di solito interpreta correttamente. E` IE che interpreta height come se fosse min-height.

Pero` si puo` ricorrere ad un hack:
height: auto ! important; /* fa ignorare ai browser standard la proprieta` successiva */
height: 90%; /* sistema le cose in IE */
min-height: 90%; /* sistema nei browser standard */

PS: naturalmente la % deve riferirsi ad un valore definito: quinid nel blocco contenitore deve essere definita una height, ad esempio
height: 100%;

Nel caso di FF, e nel caso che il contenitore sia il body, va specificato height sia per body che per html (che in IE coincide con body).