Dalla riga di comando vengono terminati tutti i processi che sono stati avviati
dalla sessione del prompt(ma non sempre).
Riguardo al fatto che il programma che hai non si riavvia successivamenta
e' sicuramente un errore di programmazione.
Non so mi viene in mente se chiudi la finestra principale dell'applicazione
con il metodo di JFrame setDefaultCloseOperation(true).
Si deve vedere il codice cmq.
Ciao