Il file di properties può essere letto (previe alcune precauzioni su come raggiungere il file). Certamente non può essere scritto se non attraverso stratagemmi a dir poco sofisticati (cancellazione dal JAR, riscrittura su disco e reinserimento nel JAR...).


Ma l'errore che hai postato indica chiaramente che non riesce a trovare nel JAR l'attributo Main-Class all'interno del MANIFEST.


Ciao.