Non va:

Codice PHP:
$comando = "/usr/bin/soffice";
shell_exec($comando); 
Mentre va:

Codice PHP:
$comando = "/usr/bin/pdftk";
shell_exec($comando); 
pdftk è un tool da linea di comando.

Su Win non c'è differenza, se lancio un eseguibile lancio anche l'altro, posto il settaggio di "Permetti ad Apache di interagire col desktop" nella sua finestra in Servizi.
Ma su Linux?
C'è per caso un settaggio analogo? Non saprei dove iniziare dato che Linux lo conosco davvero poco.