window.open('percorso','nome finestra','caratteristiche separate da virgola');

come vedi il secondo parametro e' il nome della finestra, se tenti di aprire una popup con il nome di una gia' aperta, la pagina verra' aperta all'interno di quella senza aprire na nuova finestra....



edit:
forse volevi risolverla in php ma una soluzione generale e' questa, se ti serve qualcosa di piu' specifico e' un altro discorso...