E' relativamente semplice:

L'utente inserisce i propri dati (nick, mail e password) che vengono registrati nel DB. Nella tabella utenti del DB inserisci anche un campo "aut" che sta per autorizzazione ad esempio. Li inserisci ad esempio il "grado" dell'utente (amministratore, user, etc...). In ogni caso per far fare l'autenticazione e conferma della registrazione crei un codice random di N cifre (non troppe) che inserisci nel campo "aut" dell'utente.

Mettiamo che la situazione nel DB sia questa:
codice:
-------------------------------------------------------
nick   | password | mail                | aut           |
--------------------------------------------------------
Pippo | pluto17    | mail@mail.com | 123456789 |
A questo punto mandi una mail a "mail@mail.com" con dentro un indirizzo del tipo:

http://www.tuosito.com/script.php?code=123456789

L'utente cliccando li arriva nella pagina script.php che controllerà sul DB e setterà a 1 il campo "aut" rendendo l'utente effettivamente registrato.

Spero di essermi spiegato decentemente