copy è la funzione generica per COPIARE dei files.

move_uploaded_file è una funzione apposita per l'upload di files via HTTP. Nel momento in cui tu scegli il file da uploadare nell'input e clicchi il submit, il file viene caricato in una cartella temporanea del server. Con move_uploaded_file, puoi spostare il file dalla posizione temporanea a quella definitiva.

Consiglio di usarla perchè è specifica per questi casi.