non penso che in C (né in alcun altro linguaggio di programmazione) si possano gestire numeri interi di 20 cifre in modo nativo.

Penso che lo scopo del tuo professore sia quello di farvi lavorare con gli array: carica i numeri di 20 cifre in due array e poi fai la sottrazione posizione a posizione. Non conosco C quindi non posso proporti del codice.