Devi lavorare con i percorsi UNC: ad esempio per eliminarla puoi usare "rmdir \\?\drive:\percorsocompletocartella."; purtroppo circa al rinominarla o all'accedervi non so aiutarti. Prova con qualche utility POSIX che si appoggia a cygwin, che dovrebbe essere in grado di gestire i file con nomi terminanti con ".". Magari posso provare a scrivere qualcosa io...