Infatti devi metterlo nella web application ...
Se nella dir webapps\root crei la cartella per la tua applicazione, esempio mio sito, il file jar lo metti dentro la catrella mio sito... lo localizza perchè è nella stessa cartella appunto ,e quindi non c'è bisogno d'altro...
Allora ti scrivo un applicazione , indipendente da tomcat....

Allora crea nella tua dir il file JavaDB.java con dentro questo codice ...

import java.sql.*;

public class JavaDB {
public static void main(String[] args){
ResultSet rs = null;
Statement stat = null;
Connection cn = null;
try {
String driver = "com.mysql.jdbc.Driver";
Class.forName(driver);
String url = "jdbc.mysql://127.0.0.1:3306";
cn = DriverManager.getConnection(url,"root","tua_passwo rd");
stat = cn.createStetement();
String qry = "CREATE TABLE message";
qry += "(msg(VARCHAR 30))";
stat.execute(qry);
String dat = "INSERT INTO message VALUES('Ciao')";
stat.execute(dat);
String selectQry = "SELECT * FROM message";
rs = stat.esecuteQuery(selectQry);
while(rs.next) {
System.out.println(rs.getString(1));
}
}
catch(SQLException e){
e.printStackTrace();
}
catch(ClassNotFoundException cln){
cln.printStackTrace();
}
finally{
if(rs != null) rs.close();
if(stat != null) stat.close();
if(cn != null) cn.close();
}
}
}


questa è una semplice classe , in questa dir mettici il file jar connector.... e dovrebbe andare senza problemi....