Insisto nel dire che non si può definire "problema" avere stesso uid e gid. Semmai è un'esigenza ed è perfettamente fattibile.

Sulla questione:

rischi che i loro files di configurazione non siano compatibili, di conseguenza molto software (tutto quello che usi sia un sistema sia sull'altro, potrebbe non funzionare.
In pratica e' abbastanza impossibile
direi impossibile proprio no.
Considerando che si tratta di files di configurazione personali, non è la fine del mondo.
Non vengono mica condivisi i vari .conf di sistema.
Se poi consideriamo che molti programmi accettano profili diversi e, quindi, diversi files di configurazione dell'utente, la cosa è ancora più possibile.
Quello che vedo più difficile, è proprio mantenere il controllo della situazione, nel caso che gli applicativi utilizzati di frequente siano molteplici, che generino, perciò, numerosi files, che potrebbero necessitare di qualche aggiustamento, oltre ad una sorta di tracciatura delle versioni e delle varie modifiche apportate, cosa che non può certo essere fatta a memoria.
In pratica, IMHO, potrebbe solo essere un grande sbattimento, ma se ne valga la pena o no lo sa solo l'utente.