Prima una precisazione:
"aaaaaaaJPGbbbbbbbbbbJPGcccccc" diviso con Split restituisce {"aaaaaaa", "bbbbbbbbbb", "cccccc"}, perchè i "JPG" non vengono contati.

Allora, potresti usare la funzione split delle stringhe sul testo del file in questo modo:
codice:
'Con lo stream reader legge tutto il contenuto del file
Dim R As New IO.StreamReader(<file da dividere>)
'E lo deposita in S
Dim S As String = R.ReadToEnd
'Quindi chiude il file, che ormai non serve più
R.Close()

'Crea un array di char che rappresenta il separatore "JPG"
Dim ParamSeparator() As Char = {"J", "P", "G"}
'Separa il testo del file in base al separatore e deposita
'gli elementi divisi in un array di stringhe
Dim Files() As String = S.Split(ParamSeparator)

'Dichiara un file per la scrittura
Dim W As IO.StreamWriter

'Esegue un ciclo che si ripete per la lunghezza di Files 
'ossia delle parti divise
For I As UInt16 = 0 To Files.Length - 1
  'A ogni step crea un nuovo file, utilizzando il contatore come nome
  'Si creerà 1.jpg, 2.jpg ecc...
  W = New Io.StreamWriteer(I+1 & ".jpg")
  'Scrive il contenuto di Files(i) sul file
  W.Write(Files(I))
  'Chiude il fle
  W.Close()
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