tu vuoi eliminare i
dal codice javascript, giusto?
in questo caso i Javascript saranno su più linee, e all'espressione "/<script(.*)>(.*)<\/script>/" va aggiunto una "s" finale, altrimenti il carattere . (punto), non sonsidera i new line.

fai qualche echo e print_r nei fari punti del codice per capire dove è l'errore, magari