se la cartella js stà nella root del sito si


www.root.it/js/file.js


mettendo lo slash come primo carattere parte ad includere sempre dalla root ed il browser che è "intelligente" non ricarica ogni volta il file.

Se vuoi stare ancora più tranquillo usi l'url assoluta
... src="http://www.tuosito.Yjs/file.js" ...

Il problema di JS è che spesso una libreria da 50 o più kappa è utile per una sola pagina, o librerie diverse in più pagine ... ma se il file è sempre uno ed è utile (in modo più o meno consistente) in tutto il sito quel file non sarà un problema per il peso complessivo, la banda e tutto il resto, proprio come è per i CSS