Oh-oh... ho letto male il primo post (avevo letto JDBC e non ODBC)
A questo punto credo che il problema sia più serio: molto probabilmente i driver ODBC necessari per comunicare con il database vengono caricati dopo il tuo servizio. E' molto probabile che i driver ODBC necessari all'applicazione per comunicare col DB siano essi stessi un servizio di Windows e che questo venga caricato in un momento successivo.