Sorry.
codice:
var testo_inserito = document.getElementById('cerca').value // Riferito ad una ipotetica <textarea id="cerca">
var parole = testo_inserito.split(' ')

for (var i = 0; i < parole.length; i++)
{
   if ( parole[i].length > 2 )
   {
      // fai quel che devi fare
   }
   else
   {
      // fai quel che devi fare
   }
}
Dovrebbe andare.