se si tratta di uno script php ...ti basta fare un include e tutto è ristolto !

se invece vuoi eseguire un programma eseguibile, o uno script shell fai riferimento a questa pagina:

http://it.php.net/exec

tieni conto però che se hai un account su un server remoto, molto probabilmente alcune funzioni (exec,system,..) potrebbero essere state disabilitate per ragioni di sicurezza..