Per la prima domanda, dovrei vedere quantomeno il codice per poterti rispondere. In generale cmq ricorda che è Mozilla (suppongo intendessi Firefox nella fattispecie) che "fa giusto", non IE! IE, specie il 6, è il peggior browser sulla faccia della terra, tanto che proporrei una legge dello stato per impedirne l'utilizzo!

Per la seconda domanda, suppongo che per fare l'upload del sito quando l'hai pubblicato sul server che ospita il tuo spazio web tu abbia usato un loro site manager HTTP (una pagina che ti permette di inviare i file nella tua cartella) oppure un programma client FTP installato sul tuo PC. In entrambi i casi, basta che ti ricolleghi al tuo spazio web e fai il download dei files sul tuo PC "rimesso a nuovo". Di client FTP ne esistono molti gratuiti...io suo FTP Explorer, ma esiste anche WS FTP, oppure puoi trovare editor testuali per diversi linguaggi con il client FTP incorporato.

PS: W tutti i Final Fantasy!
PS2: Io e te siamo "quasi concittadini"...anche se sono di Padova, da 6 anni sono "toscano d'adozione" e in particolare lucchese!