Sei ben lontano dalla retta via.

1) Se ti servono due connessioni in uno script è sufficiente assegnarle a due variabili diverse e non si sovrascrive nulla
$conn1 = mysql_connect(..........);
$conn2 = mysql_connect(.........);

2) In ogni caso per il tuo problema non c'è nessun bisogno di avere due connessioni.
Hai due possibilità:
a- fai la mysql_select_db() prima di ogni query
b- fai una sola mysql_select_db() (per il db che usi di più) e quando ne devi usare un altro metti il nome davanti a quello delle tabelle nella query. Ad es.
codice:
select * from nomedb.nometabella where....
In alternativa puoi anche non fare mai la mysql_select_db() e usare sempre il sistema visto sopra.