Se non c'è niente di scritto: si.

Probabilmente parli così in quanto si tratta di sun sito swiluppato lato server, con linguaggi tipo php.

Se fosse un sito realizzato con flash gli daresti solo i files swf e non i sorgenti fla o swi.

Quindi io direi: cripta tutti i tuoi files php e dagli solo i files criptati.