Potresti aggiungere un campo con un valore random che fai creare al momento della registrazione...

Supponiamo una cosa del genere:

id | nome | mail | confermato | codice
1 | max | mail@..| n | ad3dfadfs

Tu nella mail metti un indirizzo tuosito.com/conferma_mail.asp?codice=ad3dfadfs

Nella pagina fai una query sul codice e "confermi" quello corrispondente.
Per maggiore sicurezza puoi passare sia la mail che il codice e fare il controllo su entrambi.

Spero sia stato utile!!