Ciao whisher. La tua soluzione non va bene. Innanzitutto mi evidenzierebbe solo le parole nelle quali coincidano maiuscole e minuscole non potendo usare str_ireplace(). (si potrebbe anche ovviare a quello ma non risolverei il mio problema).
In secondo luogo prova ad aggiungere una parola come casa tra quelle da ricercare e accasato nel testo:

$search = array('Albero', 'cane' ,'giardino','casa');
$replace = array('albero', 'cane' ,'giardino','casa');
$string = "il cane era accasato sotto l'albero del giardino";
$newstrting = str_replace($search,$replace,$string);
echo $newstrting;

il tuo script mi restituisce questo
il cane era accasato sotto l'albero del giardino

non evidenzia albero perchè lo cerco con l'niziale maiuscola e mi evidenzia casa all'interno di un'altra parola mentre io voglio solo le parole intere.

In pratica ciò che mi chiedevo era se fosse possibile fare il confronto senza prima esplodere la stringa di ricerca ma mi sa proprio di no.

Ti ringrazio comunque per l'interessamento.