Prova a collegare bene la messa a terra della chitarra, di solito si usa l'ingresso line in del portatile, mi viene in mente una soluzione poco costosa che trovi recensita qui sotto:

http://www.audiomaster.it/news_106.htm

Poi ti rimando ad un forum dove trattano proprio il tuo problema, qui sotto:

http://www.xelenio.com/mb/topic.asp?TOPIC_ID=2545