Ciao io ho effettuato la stessa operazione da qualche giorno per il sito http://www.vrwiki.it senza alcun tipo di problema. Da phpMyAdmin ho creato un sql dell'intero database, ho aperto il nuovo database e con copia ed incolla ho portato i dati e le tabelle da un database all'altro. Chiaramente il prefix delle tavole era lo stesso, e se a me e' andata bene penso che il problema non sia di mediawiki ma di qualcosa andato storto durante l'esecuzione della query sul nuovo DB.
Se hai risolto magari facci sapere che problema era (serve sempre sapere certe cose) ;-)
Ciao