Forse non mi sono spiegato benissimo io chiedevo:

1) Quando si adopera PRIMARY e quando UNIQUE dal momento che mi sfuggono le differenze (a parte il fatto che le PRIMARY si possono definire come Auto Increment)

2) Ben sapendo che dopo WHERE posso usare qualunque colonna mi chiedevo se non convenisse, nella scelta degli indici, vedere quali colonne fossero più ricorrenti dopo WHERE e definire gli indici di conseguenza.

Comunque grazie per la risposta.