JBuilder non l'ho provato, cmq fra Netbeasn ed Eclipse la differenza sostanzione è che il secondo è più intelligente.
Inoltre il fatto di avere la GUI nativa lo rende meno drammatico in termini di risorse rispetto un netbeasn che è tutto java

Poi VE(per disegnare GUI con eclipes) ti genera un codice molto più pulito, non ti blocca parti di codice e non crea file "esterni" per la grafica.

Chi usava IDE diversi da eclipse una volta che sono riuscito a fargli fare un progetto per abituarsi al suo modo forse "insolito" di gestirli non l'hanno più mollato... ricordo di un codice di un amico(in java si intende) pieno di errori, i metodi non lanciavano tutti i throws, mancavano imports, errori di battitura, errori logici dove ci si riferiva a variabili locali e non globali e robe simili, variabili non create ecc...

Una volta aperto con eclipse ogni errore aveva vicono una lampadina, clicandoci su venivano le possibili correzioni e... in pocho tempo di click, click il sorgente era compilabile e funzionante.

Se sbagli di scrivere qualcosa ti viene "forse intendevi nome_corretto_della_variabile_classe_metodoecc..."
se implementi un'interfaccia e non crei tutti i metodi viene "metti astratta la classe" "implementa i metodi dell'interfaccia"
se usi una classe che non viene trovata nel classpath vengono ricercati e suggeriti import da aggiungere
stando col mouse su una classe e aprendo la tabella "declaration" puoi vedere il sorgente di quella classe, sia tua, di sun o ti terzi(che ci sia il sorgente ovviamente)
tooltip per vedere l'anteprima del javadoc

plugins a non finire installabili con 2 click dal update manager..

e molto altro!

Se lo si sa usare bene, eclipse è il migliore IDE gratuito per Java.