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Alcuni programmi esigono di essere setuid root, per poter essere eseguiti con privilegi di root. Il comando per effettuare ciò è chmod u+s nomefile, come root (osservate che il programma deve già essere di proprietà di root). Questo ha l'effetto di impostare il bit setuid nei permessi del file. Questo problema viene fuori quando il programma accede all'hardware di sistema, come un modem o un lettore CD ROM, o quando le librerie SVGA vengono chiamate dal modo console, come in un particolare noto pacchetto di emulazione. Se un programma funziona quando eseguito da root, ma dà messaggi di errore tipo access denied (accesso negato) ad un utente normale, sospettate che la causa sia questa.
Avvertimento: Un programma con setuid impostato come root può porre un rischio di sicurezza per il sistema. Il programma gira con privilegi di root ed ha così il potenziale di causare danni significativi. Accertatevi di sapere cosa fa il programma, guardando il sorgente se possibile, prima di impostare il bit setuid.
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