L'errore nasce dal fatto che non ha senso assegnare un valore a un metodo come provi a fare in:
codice:
oggetto.referenzia() = new Oggetto(numero.read());
(a parte il fatto che il nome del metodo è "referenza" e non "referenzia").

Così com'è, la classe Oggetto non offre alcun modo per modificare la sua variabile ref.

Per poter assegnare un valore a ref, hai bisogno di accedere a ref da una classe esterna.
Hai due possibilità:

1)
rendere ref pubblica:
codice:
//private Oggetto ref;
public Oggetto ref;
e accedervi direttamente:
codice:
//oggetto.referenzia() = new Oggetto(numero.read());
oggetto.ref = new Oggetto(numero.read());
2)
lasciare ref privata e introdurre in Oggetto un metodo pubblico per modificarla (c.d. setter):
codice:
public void setRef(Oggetto ref) {
     this.ref=ref;
}
e utilizzare questo metodo per modificare ref:
codice:
//oggetto.referenzia() = new Oggetto(numero.read());
oggetto.setRef(new Oggetto(numero.read()));