Sì, per fare chiarezza, la documentazione che ottieni "semi-automaticamente" con javadoc è del tipo che trovi nelle pagine delle API di java al sito della www.java.sun.com

Se invence intendi creare un manuale vero e proprio, per restare in ambito java puoi benissimo scrivere la documentazione in HTML e quindi caricare in JEditorPane il documento HTML