Ovviamente mi auguro che quello non sia tutto il codice che hai...altrimenti non saprei come fa a funzionare

Per quanto riguarda quel problema, non è PHP a causarlo, ma flash. Sono appunti i link assoluti che conducono alla variabile contenuta nell'input text dinamico che hai messo. Fammi vedere tutto il codice (actionScript e PHP) che hai usato e vediamo di sistemare tutto per bene.