Io ti consiglierei di fare un batch che prima fa il backup e poi lancia l'applicazione...per esempio
supponiamo che la cartella in cui fare il backup sia C:\Backup e la cartella da backuppare sia la C:\Programmi\mioProgramma\data e che il programma da lanciare sia C:\Programmi\mioProgramma\bin\prog.exe
1) elimino il backup vecchiocodice:rmdir /S /Q C:\Backup mkdir C:\Backup xcopy C:\Programmi\mioProgramma\data C:\Backup /S start C:\Programmi\mioProgramma\bin\prog.exe
2) creo la nuova cartella
3) eseguo il backup
4) lancio l'applicazione
non ho avuto modo di provarlo ma dovrebbe funzionare
PS: se la path (una qualsiasi) contiene degli spazi devi metterla tra doppi apici (ES: "C:\Mio Backup")