Devi creare una funzione che verifica quali checkbox sono selezionati. Quindi, a seconda dei casi, modificare al volo il valore dell'attributo action del form. La funzione va richiamata all'onsubmit, in modo da modificare il valore dell'action un attimo prima che il form venga inviato.

codice:
<head>
<script type="text/javascript">
<!--
function indirizza() {
var m = document.getElementById("modulo");
if (document.getElementById("sel1").checked==true && document.getElementById("sel2").checked==true) {
m.action = "pagina1.php";
}
else if (document.getElementById("sel1").checked==true && document.getElementById("sel2").checked==false) {
m.action = "pagina2.php";
}
else if (document.getElementById("sel1").checked==false && document.getElementById("sel2").checked==true) {
m.action = "pagina3.php";
}
}
-->
</script>
</head>
<body>
<form id="modulo" action="default.php" method="post" onsubmit="indirizza();">
<input type="checkbox" id="sel1" name="sel1" value="" />
<input type="checkbox" id="sel2" name="sel2" value="" />
<input type="submit" value="Invia" />
</form>
Ovviamente l'ho intepretata a modo mio...cosa intendi con "due caselle a scelta multipla"? Due checkbox che possono essere selezionati alternativamente o entrambi (o nessuno), oppure due radio buttons la cui selezione di uno implica la deselezione dell'altro? In ogni caso, il principio è più o meno questo: assegnare un nuovo valore all'action del form in base allo stato (checked o non checked) degli elementi.