Il file MANIFEST.MF contiene alcuni metadati interpretabili da Java 2.
Nel tuo caso, per avviare un jar, devi specificare qual'è la classe che contiene il metodo main() da cui avviare l'applicazione. Dunque devi creare il file MANIFEST.MF (dovresti già averlo, visto che i tools in genere lo creano) nella cartella META-INF e aggiungere una riga del tipo:
codice:
Main-Class: LaMiaClasseMain