Sì ma non ci puoi fare gli indovinelli.

Ci devi mettere tutto il codice e non [...].

Da quello che si vede, al quarto ciclo di
codice:
for(k = 0; k < nodes.length; k++){
		Node e = nodes[k];
		e.setId();
e è null.

Dunque sembra che nodes[3] non sia inizializzato.
Darei un'occhiata al codice che ci nascondi in cui si setta Np, che arresta il ciclo for in cui inizializzi nodes.