Verifica che il path sia corretto.

Se i files sono stati caricati in precedenza tramite apache allora dovrebbe farteli sovrascrivere perché si suppone che apache non abbia cambiato utente.

Infine se li hai caricati a mano in ftp probabile che non te li faccia sovrascrivere perché il tuo utente ftp non è l'utente apache quindi apache non riesce a sovrascrivere.