Il copia incolla da js a AS non può funzionare anche perchè la lib che sto usando prende l'asciimathML (un sistema per scrivere formule molto semplice) e lo traduce in mathML (molto più tedioso) dopo di che è il browser a fare il rendering del mathML.
Purtroppo non riesco a trovare nulla che mi permetta di scrivere le formule in flash...

Ho fatto ancora alcune prove ed ora inizia a funzionare sia su Firefox che su IE certo che su IE fa abbastanza schifo, per una serie di motivi risulta più difficile da usare...

L'idea dell'applet java mi è venuta perchè: di solito programmo in java e ho trovato una libreria con un componente awt che renderizza (da verificare...) il mathML. La JVM tutto sommato mi sembra abbastanza diffusa, per lo meno mi garantisce un comportamento standard anche in IE (dove probabilmente verrà eseguita nella gran parte dei casi). Certo, anche questa via ha dei contro: principalmente di aspetto grafico e sicuramente non è una cosa velocissima da realizzare.

Sono davvero in crisi....
Magari metto una prima versione sul web, così mi date qualche suggerimento