Ho girato un po' su internet e ho notato che non sono l'unico ad avere questo problema di "accesso negato", ho letto che per motivi di sicurezza IExplorer nega agli script la possibilità sia di leggere che di scrivere su pagine che risiedono su domini diversi da quello in cui risiede lo script stesso, percui non sarebbe possibile recuperare l'oggetto "document".

Un modo però l'ho trovato: ho scaricato un software all'indirizzo: http://www.text-reader.com/explorerbar/index.html. Questo software permette di realizzare una toolbar per IExplorer e la barra si realizza seplicemente creando una normale pagina HTML (è possibile quindi utilizzare anche javascript).
Il software mette a disposizione la funzione "IEDocumentComplete()" la quale restituisce l'oggetto window della pagina web che al momento è visualizzata nel browser IExplorer, percui è possibile agire su di essa utilizzando javascript.
Purtroppo questa toolbar ha qualche problema sopratutto quando si fa il reload() della pagina e poi comunque è a pagamento e la versione di prova dura solo 30 giorni.

La mia idea è quella di realizzare qualcosa di simile e visto che un software lo fa un modo ci deve pur essere!