Ma.. penso che solo le ultime versioni di MAMP le hanno sviluppate in modo che non tocchino i file originali di sistema! Perche' quando l'ho usato io 2 anni fa circa mi ha inzozzato tutti i file!
Comunque.. se e' cosi.. allora:
1) e' un bene;
2) penso che tu possa installarti MySQL e PHP a mano senza toccare niente che serve a MAMP!