Bè, sembra essere un'applicazione web abbastanza complessa, quindi l'uso dei frame non è poi così grave.

Al massimo potresti usare un po' di AJAX, ovviamente prevedendo un meccanismo lato server che mantenga intatta la fruibilità dell'applicazione in caso di javascript disabilitato. In questo caso però mi sa che dovresti riprogettare tutto, quindi non so quanto possa andarti bene.

Per idee più concrete forse dovresti spiegarci più nel dettaglio come funziona e quali scopi ha questa applicazione.