Le porzioni di codice javascript è sempre bene mantenerle separate dal markup, per evitare che alcuni caratteri speciali (vedi ad esempio '&' o '<' e '>') entrino in conflitto tra i due linguaggi.

Sai come linkare file js esterni in un documento?

Inoltre, occhio a generare contenuto cruciale via javascript: document.write non è mai una buona soluzione (tanto che da XHTML 2.0 in poi non sarà più funzionante). Meglio sfruttare l'approccio via DOM.