quando apri la voce strumenti > filtri la prima combo dice "Filtra per".
Verifica se hai applicato il filtro effettivamente sulla cartella che stai usando.
Se fosse impostato su "cartelle locali" o su un account diverso il filtro funziona solo su quell'account, ma non sugli altri.
Per applicare un filtro su più cartelle è comunque necessario che tu lo imposti esplicitamente su ciascuna, non è possibile assegnare un filtro "globale"