Guarda, se sei già riuscito a backuppare il contenuto del disco (attenzione a prender su tutto) il mio consiglio è di formattare e reinstallare tutto da zero: molto probabilmente si è distrutto il registro, il che implica che se anche usi il cd di windows per ripristinare, o non funzionerà comunque, o se funziona sarà perchè ti ha creato un nuovo registro di sistema, il che significa che dovrai comunque reinstallare tutte le applicazioni perchè funzionino; tanto vale allora formattare, che almeno parti con windows pulito ed efficiente...