Non specifichi se l'icona verrà usata per il sistema operativo o per un sito web.
Nel primo caso dovresti usare da Photoshop una plug-in tipo IconFactory per esportare l'icona bella e pronta in .ico; nel secondo caso conviene PNG 24, anche se ci possono essere probblemi con internet explorer, ma qui puoi trovare la soluzione all'uso delle PNG con trasparenza nei siti internet quando visualizzati con Internet Explorer.

Esiste anche la possibilità di usare software come Graphic Converter per convertire direttamente un file PSD con trasparenza in un file icona per Mac o PC (io le icone sul mac le faccio così...). Esisterà sicuramente un convertitore gratuito per PC...

Puoi usare anche programmi come Microangelo per creare icone partendo da gif o creandotele pixel per pixel...