E' giusto che quello script faccia sparire tutti i clip presenti, perchè è applicato alla _root.

Fai così

essere.onEnterFrame = function() {
this._alpha-=5;
if (this._alpha<0) {
this._alpha = 0;
delete this.onEnterFrame;
}
}

E dovrebbe sparirti solo il movieclip "essere". Per variare la velocità di scomparsa cambia il valore 5 con un altro numero