Succede quando si scassa il filesystem. Gli indici delle directory esistono ancora (e quindi te le visualizza), ma solo loro e non le directory vere e proprie. Per questo ti dice che non le può cancellare, perchè non ha nulla da cancellare. Prova così:

Start > Esegui > cmd

Poi scrivi chkdsk c: /f /r /x

Ti dirà che l'unità è bloccata e di schedulare il check al prossimo riavvio, digli di sì e al riavvio ti farà un check bello lungo. A quel punto dovresti riuscire a cancellarli, se ancora non puoi dovrai provare avviando dal cd di installazione per poi cancellarli dalla console di ripristino. Di più nin zo.