potresti provare utilizzando gli shared object, elementi di AS simili ai cookies, per tenere traccia del fotogramma a cui sei arrivato nella riproduzione e al cambio pagina far proseguire l'swf da lì o bloccarlo in quel punto, l'unico altro modo che mi viene in mente è quello di utilizzare per il "cambio record" del codice JS asincrono così da non dover utilizzare il classico href per cambiare il contenuto della stessa pagina

per gli shared object --> http://flash-mx.html.it/guide/lista_....asp?idguida=7