Se appare la finestra di conferma e' perche' la finestra che stai tentando di chiudere non e' stata aperta con window.open(), ovvero l'hai deciso tu, bensi direttamente dall'utente, cioe' e' una finestra "principale"... e mi sembra piu' che giusto che sia lui a decidere se la sia da chiudere oppure no.

Considera il browser un programma tale e quale, che so, Word ... l'ha lanciato l'utente e mi sembra giusto che tu non possa chiuderlo senza conferma

ciao