Cercando e ricercando ho finalmente trovato qualcosa che pare faccia al mio caso, si chiama Image for DOS, http://terabyteunlimited.com/image.html

crea un dischetto bootable e permette di creare/ripristinare/verificare un'immagine del disco (di molti filesystem, fat16/32 NTFS, ReiserFS, ext2/3) senza installare nulla sul sistema in uso...

quando lo proverò vi frò sapere come funziona...